1.農業生產造成的污染
農田和各種農業設施在農業生產過程中可能對環境造成有害影響。不合理施用化肥和農藥會破壞土壤結構和自然生態系統，特別是破壞土壤生態系統。
降水所形成的徑流和滲流使土壤中的氮和磷、農藥以及牧場、養殖場、農副產品加工廠的有機廢物進入水體，使水體本質惡化，有時造成河流、水庫、湖泊等水體的富營養化。大量氮化合物進入水體則導致飲用水中硝酸鹽含量增加，危及人體健康。氮肥分解產生的氮氧化物直接影響大氣的物質平衡。 在農業高度現代化的國家，農業污染源排放的硝酸鹽、氮和無機磷已經對水體構成極大危害。
2.我國農村生活污染
小城鎮和農村聚居點的生活污染物因為基礎設施和管制的缺失一般直接排入周邊環境中，造成嚴重的“臟亂差”現象:我國每年產生的約為1.2億噸的農村生活垃圾幾乎全部露天堆放；每年產生的超過2500萬噸的農村生活污水幾乎全部直排，使農村聚居點周圍的環境質量嚴重惡化。
3.農村鄉鎮企業污染
近些年來，在人口密集地區尤其發達地區，集約化畜禽養殖蓬勃發展。這些地區可利用的環境容量小，加之其規模和布局沒有得到有效控制，沒有注意避開人口聚居區和生態功能區，造成畜禽糞便還田的比例低、危害直接。同時，在污染排放強度上并不低于工業企業的集約化養殖場，其污染危害更加嚴重:不僅會帶來地表水的有機污染和富營養化污染以及大氣的惡臭污染甚至地下水污染，畜禽糞便中所含病原體也對人群健康造成了極大威脅。此外，由于污水灌溉、堆置固體廢棄物以及大量工業污染轉移，農村土壤的重金屬污染已經影響到了食品安全。
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